Las características físico geográficas de la región y el complejo relieve condicionan la existencia en Baracoa de la mayor red hidrográfica del país, no sólo por su densidad que alcanza hasta 8 kilómetros de cauce por cada km2 de superficie, sino además por sus peculiares cuencas como las del Toa –la más importante del país- y la del Duaba. Existen otros ríos como el Miel y el Yumurí que encierran pintorescos paisajes y hermosísimas leyendas.

Baracoa está rodeada de ríos. Al oeste el Macaguaniguas, que entra en el pueblo bordeando la bahía donde desemboca. Más allá el Duaba, de mayor caudal. Varios kilómetros más al oeste el Toa, grande y hermoso, con sus orillas de una vegetación espesa. Hacia el este el Miel, toda una leyenda a la entrada de la ciudad; y en los límites por el oriente el Yumurí.

El recurso agua es abundante en un territorio atravesado por trece ríos y arroyos importantes que tienen como característica común el ser de corto cauce, gran caudal y marcadas pendientes, y donde existen 29 cuencas hidrográficas de interés, la más importantes de ellas, la cuenca del Toa.

Los ríos de Baracoa tienen características distintivas y entre los más importantes se encuentran el Nibujón, el Toa, el Duaba, el Macaguaniguas, el Miel y el Yumurí.